Thomas Schäfer rozpoczął karierę w przemyśle motoryzacyjnym w koncernie Daimler AG w 1991 r. Pracował na kierowniczych stanowiskach w obszarach produkcji i zarządzania jakością w Niemczech, USA i RPA do 2002 roku. W latach 2002-2005 był członkiem-założycielem DaimlerChrysler Malaysia jako członek zarządu ds. technologii. Był odpowiedzialny m.in.: za rozszerzenie i restrukturyzację sprzedaży, produkcji i bazy dostawców.
W Daimler AG w Niemczech Schäfer był odpowiedzialny za dostawy pojazdów, centra obsługi klienta i globalny biznes xKD na rynkach wschodzących w latach 2005-2012. Jego zadaniem było również planowanie i tworzenie strategii oraz logistyki międzynarodowej dla wszystkich istniejących zagranicznych fabryk oraz tworzenie nowych. W 2011 roku do jego głównych zadań należało kierowanie projektem budowy fabryki Mercedes-Benz we współpracy z BAIC w Chinach. W maju 2012 r. Schäfer przeszedł do Volkswagen AG, gdzie początkowo kierował produkcją międzynarodową Grupy Volkswagen i był odpowiedzialny za projekty xKD i negocjacje dotyczące nowych fabryk. Od 2015 roku pełnił funkcję prezesa i dyrektora zarządzającego Volkswagen Group South Africa, odpowiedzialnego za rozwój marek Grupy Volkswagen w regionie Afryki Subsaharyjskiej.
W ciągu swojej pięcioletniej kadencji dyrektora zarządzającego konsekwentnie wspierał rozbudowę sieci sprzedaży, zwiększał rentowność dealerów i doprowadził marki z Grupy Volkswagen, Audi i VW Commercial Vehicles do obecnego rekordowego udziału w rynku wynoszącego 23,5 procent. Pod kierownictwem Thomasa Schäfera Grupa Volkswagen znacznie rozwinęła i umocniła swoją pozycję w Afryce Subsaharyjskiej. Przyczyniły się do tego również budowa nowych fabryk, zawarcie umów o współpracy z importerami oraz opracowanie koncepcji mobilności dla Kenii, Nigerii, Rwandy i Ghany.
