Firma, która funkcjonuje jako zakład pracy chronionej (zpchr) przez czas nieokreślony, nie musi mieć takich samych przywilejów podatkowych jak identyczny zakład, który działa w statusie zpchr tylko przez 3 lata - uznał Trybunał Konstytucyjny. Sprawa przez Trybunałem dotyczyła zróżnicowania przywilejów w VAT, a konkretnie odebrania zakładom pracy chronionej, działającymi w tej formie bezterminowo, prawa do całkowitego zwolnienia z VAT. Prawo takie przysługiwało im do 1 stycznia 2000 r. i polegało na tym, że taka firma w ogóle nie oprowadzała podatku do urzędu skarbowego. Prawo zmieniło się od 1 stycznia 2000 r., od kiedy to takie zakłady musiały już VAT płacić, a jedynie potem mogły się starać o jego całkowity lub częściowy zwrot.
Właśnie w takiej sytuacji znalazł się Leszek B., który prowadził zpchr, i za lata 2000-2003 najpierw zapłacił VAT, a potem wystąpił do organów skarbowych o stwierdzenie, że stanowi on nadpłatę i powinien być mu zwrócony. Skarbówka jednak mu odmówiła podkreślając, że skoro przedsiębiorcy nadano status zakładu pracy chronionej na czas nieokreślony, to nie miał on prawa do całkowitego zwolnienia z VAT i podatek zapłacił słusznie. Teraz nie może więc liczyć na zwrot.
Leszek B. złożył skargę do sądu administracyjnego, wskazując na wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 25 czerwca 2002 r. TK orzekł wówczas, że przepisy odbierające zpchr-om od 1 stycznia 2000 r. prawa do całkowitego zwolnienia z VAT, są niezgodne z konstytucją ale tylko wtedy, gdy przedsiębiorca uzyskał zgodę na prowadzenie zakładu pracy chronionej na 3 lata. Nie wspomniał natomiast o tych, którzy mogą działać w tej formie bezterminowo.
NSA w Bydgoszczy, który rozpoznawał skargę Leszka B., uznał, że wyrok TK z 25 czerwca 2002 r. różnicuje sytuację przedsiębiorców będących zakładami pracy chronionej, przyznając prawo do całkowitego zwolnienia z podatku tylko części z nich. Uzależnił bowiem przywilej od okresu na jaki przyznano im status zpchr. To zaś, zdaniem bydgoskiego sądu, łamie konstytucyjną zasadę równości wobec prawa.
W wyroku z 8 stycznia, TK nie zgodził się z NSA w Bydgoszczy i orzekł, że zakłady pracy chronionej, które mogą funkcjonować w tej formie bezterminowo, powinny liczyć się z taką zmianą prawa, która w jakimś momencie odbierze im wcześniejsze przywileje podatkowe. A taki właśnie charakter miało całkowite zwolnienie od VAT, zamienione od 2000 r. na obowiązek zapłaty VAT z prawem do późniejszego - całkowitego lub częściowego - jego zwrotu.
TK uznał takie rozwiązanie (konkretnie były to art. 1 pkt 8 i art. 3 ustawy z 20 listopada 1999 r. zmieniającej ustawę o VAT.) za zgodne z konstytucją (chodziło o art. 2 i 32 konstytucji), a różnicowanie przedsiębiorców w zależności od tego, na jaki czas uzyskali prawo do prowadzenia zakładu pracy chronionej, za dopuszczalne (sygn. P 6/07).
Podmioty, które status zpchr otrzymały na 3 lata i tylko w tym okresie mogły korzystać z przywilejów podatkowych, znajdowały się w innej sytuacji niż te, które otrzymały prawo do funkcjonowania jako zpchr bez żadnych ram czasowych.
